Der Orthodoxe Religionsunterricht wurde zunächst außerhalb der Schule, nur innerkirchlich in den jeweiligen Gemeindezentren erteilt. Das Recht zur Erteilung des Religionsunterrichts in allen öffentlichen Schulen Österreichs erhielt die Orthodoxe Kirche durch ihre gesetzliche Anerkennung in Folge des Orthodoxengesetzes aus dem Jahr 1967.
Da der Religionsunterricht lehrplanbezogen ist, war als notwendige Grundlage für die Erteilung des orthodoxen Religionsunterrichts, zuerst die Erstellung eines Lehrplanes, der letztendlich im Jahr 1991 durch das zuständige Bildungsministerium kundgemacht wurde.
Dieser Lehrplan wurde vom damaligen Metropoliten von Austria Michael (Staikos) erstellt und approbiert. Er war sehr knapp konzipiert und hatte nur einen Übersichtscharakter. Im Schuljahr 1991/92 wurde der Orthodoxe Religionsunterricht an den staatlichen Schulen in Österreich, vor allem in größeren Städten, eingeführt, bzw. an allen Orten, wo dies durch die Anzahl der Schülerinnen und Schüler möglich war.
Auf Grund der ständig wachsenden Zahl orthodoxer Schülerinnen und Schülern an österreichischen Schulen und des bestehenden Bedarfes für eine bessere Organisation und Koordination des Religionsunterrichtes wurde im Juni 2005, als gemeinsame kirchliche Einrichtung, ein Orthodoxes Schulamt für die orthodoxe Glaubensgemeinschaft in Österreich gegründet. Das Schulamt ist somit zur zuständigen innerkirchlichen Stelle für alle organisatorischen, rechtlichen, personalen, disziplinären und administrativen Belange des Orthodoxen Religionsunterrichtes geworden.
Seit der Gesetzesnovelle aus dem Jahr 2011 besteht als oberstes Gremium der Orthodoxen Kirche in Österreich unter dem Vorsitz des griechisch-orientalischen Metropoliten von Austria eine Orthodoxe Bischofskonferenz, zu deren Kompetenzen gemäß dem Orthodoxengesetz auch die Koordination des orthodoxen Religionsunterrichts gehört. Demzufolge ist der Vorsitzende der Orthodoxen Bischofskonferenz in Österreich, Metropolit von Austria Arsenios (Kardamakis), Leiter des Schulamtes. Die Funktion des Schulamtsleiter-Stellvertreters hat Fachinspektor Branislav Djukaric inne.
Das Orthodoxe Schulamt konnte in den letzten fünfzehn Jahren seines Bestehens den Orthodoxen Religionsunterricht in Österreich strukturell und organisatorisch in allen wesentlichen Bereichen konsolidieren. Es wurden inzwischen drei neue Lehrpläne erarbeitet: für Volksschulen (Vorschulstufe und Grundstufe), für allgemeinbildende höhere Schulen (Unterstufe), Mittelschulen und Polytechnische Schulen sowie für allgemeinbildende höhere Schulen (Oberstufe) und berufsbildende mittlere und höhere Schulen.
Da der Lehrplan für die Volksschule biblisch orientiert ist, wurde als erstes orthodoxes Schulbuch im Jahr 2009 für alle vier Schulstufen der Volksschule eine in der orthodox-byzantinischen Tradition illustrierte Kinderbibel „Bibel in kurzen Erzählungen“ veröffentlicht und damit den Kindern in der Primarstufe ein Überblick über die biblische Heilsgeschichte ermöglicht.
Zur Verwendung im Orthodoxen Religionsunterricht in der Sekundarstufe I u. II wurde 2015 erstmals im deutschsprachigen Raum als zweites orthodoxes Schulbuch eine „Orthodoxe Schulbibel“ veröffentlicht. Sie beinhaltet die vier Evangelien, die Apostelgeschichte sowie ausgewählte Psalmen. Der biblische Text wurde ausgehend von vorhandenen Übersetzungen nach dem byzantinischen Text revidiert. Zum weiteren Gelingen des Unterrichts sollte das im Jahr 2018 zuletzt veröffentlichtes Schulbuch „Orthodoxes Schulgebetbuch“ beitragen. Die Entwicklung von qualitativ guten und schulstufengerechten Lehr- und Unterrichtsmaterialien gehört zu den prioritären Zukunftsaufgaben.
Durch die Einrichtung der Kirchlichen Pädagogischen Hochschule in Wien im Oktober 2007 erhielt die Orthodoxe Kirche in Österreich an dieser einzigen orthodoxen Lehreinrichtung für die Pflichtschulen im deutschsprachigen Raum die Möglichkeit zur religionspädagogischen Ausbildung der Pflichtschullehrerinnen und -lehrer und Fortbildung aller Religionslehrerinnen und -lehrer.
Im Herbst 2015 wurde zum ersten Mal in der Geschichte der Universität Wien ein Masterstudium „Religionspädagogik“ mit orthodoxem Schwerpunkt an der Katholisch-Theologischen Fakultät eingerichtet. Der neu eingerichtete Studiengang, der einen konfessionell-orthodoxen Schwerpunkt hat, dient der Ausbildung von zukünftigen orthodoxen Religionslehrerinnen und -lehrern im Oberstufenbereich.